Navegando y buscando cómo quitar el botón de accesibilidad me encontré en esta página la solución.
Para deshabilitar el botón hay que comentar la linea
'a11y': imports.ui.status.accessibility.ATIndicator,
en el archivo:
/usr/share/gnome-shell/js/ui/panel.js
const GDM_STATUS_AREA_ORDER = ['a11y', 'display', 'keyboard', 'volume', 'batter$
const GDM_STATUS_AREA_SHELL_IMPLEMENTATION = {
// 'a11y': imports.ui.status.accessibility.ATIndicator,
'volume': imports.ui.status.volume.Indicator,
'battery': imports.ui.status.power.Indicator,
'keyboard': imports.ui.status.keyboard.XKBIndicator,
'powerMenu': imports.gdm.powerMenu.PowerMenuButton
};